辦公室：協助局領導處理局機關的日常行政事務工作；負責局機關的文秘、機要、保密、信訪和資訊等工作；承辦縣人大、縣政協議提案；負責系統及局機關的安全保衛工作；負責全縣衛生資訊化建設和管理工作。

人事科：制訂並組織實施全縣衛生人才發展規劃，合理配置全縣衛生人才資源；協助管理負責醫療衛生單位機構編制工作；負責抓好全縣醫療衛生單位領導班子建設工作，負責直屬醫療衛生單位的黨組織建設和紀檢監察工作，抓好行業作風建設和思想政治工作；負責衛生行業專業技術職務任職資格評定工作；負責局機關離退休人員的管理和服務工作；承辦勞動工資事宜；負責衛生系統人事檔案、專業技術人員業務檔案及局機關文書檔案工作；聯繫系統內社團工作。

計財科：管理縣級衛生經費和局機關經費，指導全縣衛生財務工作；負責全縣醫療衛生單位的審計和統計工作；參與全縣城鎮職工基本醫療保險制度及改革工作；負責協調扶貧工作。

醫政科：制訂全縣衛生事業發展規劃，指導開展區域衛生規劃；按規定許可權負責衛生機構的設置和規模調整的審定；監督、管理醫療機構的醫療品質和服務品質；負責醫療機構、衛技從業人員、醫療技術應用和大型醫療設備等醫療服務要素的準入管理；負責組織醫療事故的技術鑒定；負責醫療救護、獻血與輸血、徵兵與招生健康體檢等的管理工作；負責醫療機構內部藥品（醫療器械）採購、保管、臨床應用管理工作；依法管理全縣中醫藥（含中西醫結合）工作；指導、管理全縣醫學教育工作；負責全縣重點醫學學科建設、科技資訊、科技成果與推廣的管理工作；負責社區衛生服務、農村衛生服務、婦幼保健等工作；負責城鄉基層衛生網路、婦幼保健機構的建設和管理；組織落實提高出生人口素質工作的規劃、措施和技術標準；依法監督母嬰保健專項技術的實施；與計劃生育部門密切配合，根據各自職責，共同做好計劃生育技術服務和生殖保健服務等。

衛生監督與疾病預防控制科（應急辦）：研究制訂全縣衛生監督工作規劃、規範及計劃；依法組織實施面向社會的傳染病防治、食品與健康相關產品、職業、環境、放射、學校等公共衛生綜合衛生監督執法，會同有關科室對醫療、採供血等進行監督執法；制訂全縣疾病預防控制規劃，並組織實施，指導全縣衛生監督執法和疾病預防控制工作；負責職業衛生監察（包括礦山衛生監察）工作；負責行政處罰案件初審；負責組織全縣涉及公共衛生重大危害事故的處理；負責全縣公共衛生重大疑難案件的查處工作；組織對全縣重大突發疫情、病情實施緊急處置，監督檢查用於預防傳染病的菌苗、疫苗等生物製品供應、使用的管理；承擔縣地方病防治領導小組決定的工作任務和地方病防治領導小組的日常工作。

愛衛辦：根據縣愛國衛生運動委員會的決議，制訂愛國衛生運動規劃；組織、協調縣愛衛生運動委員會成員部門開展工作；組織開展工作；組織開展和指導全縣創建衛生城市（鎮、村）、農村改水改廁、除四害及健康教育工作；搞好愛國衛生運動方面的科研活動、資訊交流及經驗推廣工作；負責初級衛生保健工作。

下屬單位：新型農村合作醫療辦公室  65578758

          寧海縣第一醫院          65578359

          寧海縣中醫醫院          65551105

          寧海縣婦幼保健院        65579701

          寧海縣衛生監督所        65578773

          寧海縣疾病預防與控制中心  65562091

          寧海縣衛生進修學校      65210502